Una sombra se cierne sobre Ash, May y sus amigos a medida que continúan su viaje a través de la región Hoenn, no solo en el Monte Cenizo. ¡Tanto el Equipo Magma como el Equipo Aqua llevan a cabo sus planes y nuestros héroes, sin quererlo, se ven envueltos en la situación! Cuando no están intentando evitar que se lleven a cabo planes malvados, Ash y May continúan con sus objetivos, Ash intentando conseguir tres Medallas de Gimnasio más y May gana sus tres primeros Listones de Concursos. Estos además consiguen nuevos Pokémon como Torkoal y Bulbasaur, ¿pero podrían ser demasiados como para controlarlos?.